截至2013年，学校有各类科研平台67个，其中，自治区级协同创新中心2个， 校级协同创新中心8个；省部共建重点实验室4个，自治区重点实验室6个， 自治区教育厅普通本科高校重点实验室7个，校级重点实验室11个；1个国家级、 11个自治区级实验教学示范中心；教育部工程研究中心1个，自治区工程技术研究中心2个； 教育部人文社会科学重点研究基地1个，自治区高校人文社科重点研究基地9个， 校级人文社科重点研究基地3个；国家理科基础科学研究与教学人才培养基地1个。

2006至2013年，新疆大学共获得各类科研项目2437项， 资助经费达36374万元，其中，纵向项目1634项，资助经费23654.55万元；横向项目803项， 合同经费12719.45万元；获得自治区科技进步奖25项，“何梁何利基金”科学与技术进步奖1项， 自治区哲学社会科学奖57项；出版学术著作168部，发表学术论文8815篇， 其中被国际三大检索系统收录学术论文1190篇；鉴定成果81项，授权及软件登记79项。

截至2013年底，新疆大学图书馆各类馆藏文献资源总量达到379.4140万册， 其中纸本文献221.6505万册，电子文献157.7635万册，文献资源涵盖了人文社会科学和理工科学的所有学科门类， 覆盖了新疆大学所有的学科专业。纸本图书总藏量达到30万余种，212.9余万册。纸本报刊总藏量合订本达5080余种， 8.7万余册，订购现刊2414种。中外文综合类电子文献数据库15个，专业类电子文献资源15个数据库，电子图书数据库6个。 新疆少数民族语言文献1.5万余种，16万余册。古籍、历史文献31.1万册，其中明、清善本书800余种，近14000册； 民国书刊6万册；新疆地方文献8000余册。

学校与美国、英国、法国、德国、日本等30多个国家和地区的134所大学和科研机构 建立了科研合作交流关系，与41所国外高校签署了合作协议。十一五期间，学校承办国际学术会议20次， 选派教师383人次出国进修学习、科研合作或进行学术交流。